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Die Fischseuchenverordnung eröffnet die Möglichkeit zur Erklärung der Seuchenfreiheit für Aquakulturbetriebe oder Zonen in denen sich mehrere Aquakulturbetriebe befinden.

Die Seuchenfreiheit bezieht sich auf bestimmte Krankheiten, die als nicht exotische Seuchen gelistet sind und bei Fischen, Krebs- oder Weichtieren auftreten können. Es handelt sich dabei um die VHS, IHN und KHV-Infektion (Fische), Infektionen mit Marteilia refringens und Bonamia ostreae (Weichtiere) und die Weißpünktchenkrankheit (WSD) der Krebstiere.